Щорічні наукові конференції у Національному історико-культурному заповіднику «Гетьманська столиця» було започатковано в 2003 році. За цей період відбулися конференції:
- травень 2003 р. – наукова конференція «Кирило Розумовський – останній гетьман України», з нагоди 275-ї річниці народження та 200-ї річниці смерті К.Г.Розумовського;
- травень 2004 р. – міжнародна наукова конференція до 10-ї річниці створення заповідника та 295-ї річниці смерті гетьмана І.С. Мазепи;
- червень 2005 р. – наукова конференція, присвячена 230-й річниці народження П. Прокоповича;
- вересень 2006 р. – наукова конференція «Культурно-релігійний розвиток Гетьманщини кінця XVII – початку XVIII століття»;
- травень-червень 2007 р. – IX Батуринські читання «Козацька старшина кінця ХVІІ – початку ХVІІІ ст.», присвячені 335-й річниці народження Пилипа Орлика;
- червень 2009 р. – Х Батуринські читання «Батурин та його роль в історії Української козацької держави»;
- травень 2011 р. – XI Батуринські читання «Монастирі як релігійні, культурно-освітні та господарські осередки доби Гетьманщини»;
- червень 2013 р. – XII Батуринські читання, присвячені 285-й річниці народження К.Г.Розумовського та 20-й річниці створення НІКЗ «Гетьманська столиця»;
- червень 2014 р. – XIII Батуринські читання, присвячені 375-й річниці народження І.С. Мазепи;
- листопад 2016 р. – XIV Батуринські читання, присвячені 340-й річниці об’єднання України під владою гетьмана І. Самойловича;
- червень 2018 р. – XV Батуринські читання, присвячені 350-й річниці обрання гетьманом України Д. Ігнатовича та 25-й річниці створення НІКЗ «Гетьманська столиця»;
- червень 2019 р. – XVI Батуринські читання, присвячені 350-й річниці започаткування гетьманської столиці в Батурині.
- червень 2021 р. – XVІI Батуринські читання.
З 2006 р. заповідник публікує матеріали, апробовані на конференціях. З 2008 р. виходить збірник наукових статей «Батуринська старовина».
Від 2012 року Національний заповідник «Гетьманська столиця» є співорганізатором Міжнародних Спаських наукових читань. Проведення Спаських читань, присвячених славетним уродженцям Ніжина братам Івану та Феодосію Спаським, було розпочато у 2010 р. Ніжинським краєзнавчим музеєм імені І. Спаського, Центром пам’яткознавства та Інститутом історії Національної академії наук України, Ніжинським державним університетом імені М. Гоголя та Ніжинською міською радою.
2012 р. – ІІ Спаські читання, присвячені 115-й річниці народження Ф.Г. Спаського;
2014 р. – ІІІ Спаські читання, присвячені 110-й річниці народження І.Г. Спаського;
2016 р. – IV Спаські читання, присвячені 125-й річниці народження Євгенії Спаської та 50-річчю заснування Ніжинського краєзнавчого музею;
2018 р. – V Спаські читання, присвячені 100-річчю музейної діяльності І.Г. Спаського та 25-річчю створення Національного заповідника «Гетьманська столиця»;
2020 р. – VІ Спаські читання, присвячені 100-річчю Ніжинського публічного музею, 400-річчю Ніжинського козацького реєстрового полку та 395-ї річниці закладання Батуринської фортеці у зв’язку з жорсткими карантинними обмеженнями пройшли заочно.Матеріали, апробовані під час проведення Міжнародних Спаських наукових читань, опубліковано у випусках збірника наукових праць «Ніжинська старовина» (засновники – Центр пам’яткознавства НАН України і Українського товариства охорони пам’яток історії та культури).
2022 р. – VІІ Спаські читання, присвячені 130-річчю від дня народження Є.Ю. Спаської та 100-річчю заснування Ніжинської науково-дослідної кафедри історії культури та мови, відбулися онлайн.
