Головне завдання діяльності Національного заповідника «Гетьманська столиця» – збереження, вивчення та популяризація історії Української козацької держави – Гетьманщини. Наукове комплектування фондової колекції заповідника ведеться у відповідності до цього. Напрямками поповнення фондової колекції є археологічні дослідження Батурина, етнографічні експедиції по збору предметів музейного значення, організація та проведення Акцій «Подаруй Батуринському заповіднику експонат», придбання предметів музейного значення за державні та із залученням благодійних коштів, отримання предметів в дар.
Заповідник створює умови для ознайомлення громадськості з фондовою колекцією та введення її у науковий обіг шляхом відкритого експонування, створення картотек, каталогів, путівників, оприлюднення результатів їх досліджень у статтях та публікаціях.
Музейна колекція заповідник нараховує 9 900 музейних предметів державної частини Музейного фонду України та 10 113 предметів і матеріалів науково-допоміжного фонду. Широко представлена група нумізматики та боністики, декоративно-прикладного мистецтва, музейні предмети, що містять дорогоцінні метали та дорогоцінне каміння, іконопис, вироби з металу, та інші. Окремої уваги заслуговує унікальна археологічна колекція з досліджень охоронних зон заповідника, які проводяться систематично з 1995 року, що презентує Батурин гетьманської доби. Історичний живопис України неможливо уявити без творів, що є частиною колекції заповідника – це і портрети гетьманів, і образи діячів козацької доби, і розкриття історичних подій роботи видатних сучасних майстрів.
Цілеспрямована діяльність колективу по науковому комплектуванню наповнила колекцію унікальними предметами. Гордістю фондової збірки є музейні предмети, що ілюструють історію Гетьманщини та гетьманської столиці Батурина. Серед них – ікона Богородиця з Немовлям XVII ст., предмети із гетьманських резиденцій Дем’яна Ігнатовича, Івана Самойловича та Івана Мазепи, предмети із старшинських садиб Василя Кочубея та Пилипа Орлика, фрагменти надгробка гетьмана Кирила Розумовського 1803 р. роботи Івана Мартоса, універсал гетьмана Кирила Розумовського 1763 р., палаш Кирила Розумовського XVIII ст., барельєф Петра Кочубея, кінець ХІХ – початок ХХ ст. роботи Пармена Забіли та багато інших.